Bayerns Verkehrsnetz wurde in den letzten Jahrzehnten stark ausgebaut. 1992 wurde der Main-Donau-Kanal fertiggestellt. Weitere wichtige Binnenwasserstraßen sind der Main (ab Bamberg) und die Donau (ab Kelheim). Bedeutendster Hafen ist Regensburg. Internationale Flughäfen sind der 1992 eröffnete und 2003 um ein zusätzliches Terminal erweiterte Flughafen München und der Flughafen Nürnberg.