Das Verkehrsnetz ist nur lückenhaft ausgebaut. Der Südsudan ist ein Binnenland ohne Zugang zum Meer. Die Eisenbahnverbindung zwischen Wau und Khartum wurde 2010 wieder eröffnet. Wichtigste Nord-Süd-Verbindung ist aber der Schiffsverkehr auf dem Weißen Nil. Das Straßennetz ist überwiegend unbefestigt und nicht ganzjährig befahrbar. In Dschuba befindet sich ein Flughafen.