Ist der Karies bis in die innere Zahnsubstanz vorgedrungen, muss das befallene Zahnmaterial entfernt werden. Dazu bohrt der Zahnarzt die Stelle aus und verschließt das Loch mit einer Füllung, z. B. aus Kunststoff, Amalgam, Gold oder Keramik. Ist zu viel Zahnsubstanz zerstört, muss der Zahn bis auf einen Stumpf abgeschliffen