1945 bis 1967 war Heinemann Vorsitzender des Christlichen Vereins Junger Männer (CVJM) in Essen. Zudem gehörte er ab 1945 dem Rat der Evangelischen Kirche in Deutschland an. Hier wirkte er maßgeblich am sogenannten Stuttgarter Schuldbekenntnis mit, in der sich deutsche evangelische Christinnen und Christen erstmals zu einer Mitverantwortung für die Verbrechen des Nationalsozialismus bekannten.