Bonnet studierte ursprünglich Belletristik und Jura, wandte sich dann v. a. mikroskopischen Naturstudien zu und entdeckte 1740 die Parthenogenese der Blattläuse; später beschäftigte sich Bonnet v. a. mit philosophischen Fragestellungen. Er erlangte Einfluss durch die Weiterführung der Lehren Leibniz' von der »Präformation« und der »Scala naturae«.