Müller startete seine sportliche Karriere als Vierjähriger beim TSV Pähl am Ammersee. Ab 2000 spielte er für die D-Jugend des FC Bayern München – diesem Verein ist er bis heute treu geblieben. Seit 2009 gehört er zum Profi-Kader des FC Bayern München. Er ist bis Ende Juni 2025 vertraglich an den