Die Inseln liegen im Bereich des tropischen feuchtheißen Regenklimas. Die Jahresniederschläge auf São Tomé liegen zwischen 2 000 mm (im Nordwesten) und 7 000 mm (im Südwesten), auf Príncipe erreichen sie im Süden über 4 000 mm. Im Süden des Landes wächst dichter tropischer Regenwald, der in Lagen über 1