Die Inseln liegen im Bereich des tropischen feuchtheißen Regenklimas. Die Jahresniederschläge auf São Tomé liegen zwischen 2000 mm (im Nordwesten) und 7000 mm (im Südwesten), auf Príncipe erreichen sie im Süden über 4000 mm. Im Süden des Landes wächst dichter tropischer Regenwald, der in Lagen über 1000 m über dem Meeresspiegel auf São Tomé