Rubens war der Sohn eines Antwerpener Juristen, der aufgrund seines protestantischen Glaubensbekenntnisses 1568 nach Deutschland geflohen war und sich 1570 mit seiner Familie in Siegen niederließ. 1578 übersiedelte er nach Köln. Nach dem Tod des Vaters (1587) zog die Familie, die inzwischen zum katholischen Glauben übergetreten war, 1589 wieder nach