1940 verließ Lorenz Wien und ging als Professor für Psychologie an die Universität im damaligen Königsberg in Ostpreußen (heute Kaliningrad in Russland). Schon ein Jahr später musste er allerdings einen Posten als Militärarzt annehmen. Zunächst arbeitete er in der Abteilung für Neurologie und Psychiatrie in einem Krankenhaus im damaligen Posen.