1738 kehrte Linné nach Schweden zurück. Ein Jahr später eröffnete er eine gut gehende Arztpraxis in Stockholm und wurde zum Mitgründer und ersten Präsidenten der Schwedischen Akademie der Wissenschaften. Am 7. 7. 1739 heiratete er seine Verlobte Sara Elisabeth Moræa, mit der er insgesamt sieben Kinder hatte.