Hosokawa zielt in seiner eigenen Musik immer wieder auf »interkulturelle« Verknüpfungen zwischen japanischen und europäischen Klängen sowie zwischen Musik und Natur. Sein umfangreiches Werkverzeichnis enthält Opern, Orchester- und Kammermusik (u. a. sieben Streichquartette, 1992–2014), Klavier- und Orgelwerke, Chormusik und Lieder sowie zahlreiche Werke für Gagaku-Ensemble (»Garden at First Light«, 2003)