Der Nationalpark hat zwei Schutzzonen, auf polnischer Seite wird er durch zwei Landschaftsschutzparks ergänzt. Die Flussauen des Unterlaufs der Oder bilden natürliche Überschwemmungsgebiete. Sie und angrenzende Hänge und Auenwälder beherbergen besonders artenreiche Lebensgemeinschaften. Die Feuchtwiesen bieten zahlreichen Vögeln Lebensraum, etwa dem Weißstorch und dem Seggenrohrsänger; seltene Vogelarten wie Seeadler, Wachtelkönig,