Zu den physikalischen Verfahren zählen thermische und aktinische Methoden. Thermische Verfahren sind das Pasteurisieren (kurzzeitige schonende Erhitzung von Flüssigkeiten zur Inaktivierung vegetativer Bakterien und Pilze), die Einwirkung von Heißwasser mit einer Temperatur von über 100 °C zur Desinfektion, z. B. im maschinellen Kontaminationsverfahren für Geschirr und Instrumente sowie bei der